Le CNESS dispose de 07 programmes,un observatoire et un Pôle de Planification Stratégique des Force (PPSF).
Les programmes découlent des axes ci-dessous énumérés :

-Développement Institutionnel ;

-Politique Nationale de Sécurité et de Défense ;

-Prévention et de lutte contre la Radicalisation et de l’Extrémisme Violent ;

-Analyse Stratégique et Appui aux Politiques de Développement ;

-Mobilisation des Ressources ;

-Formation et le renforcement des capacités.

-Etudes sécuritaires.